O LNEC mantém atividades de cooperação com diversas entidades, nacionais e estrangeiras, designadamente com associações de carácter científico e técnico, universidades, laboratórios e outras instituições, concretizadas através da realização conjunta de atividades de interesse comum, normalmente objeto de planeamento anual, que se desenvolvem no âmbito de Convénios e Protocolos, sendo esta a forma típica de cooperação com Universidades, Institutos de investigação, bem como grandes empresas.
O LNEC prossegue, assim, uma importante atividade de cooperação não só com associações de C&T mas igualmente com diversos Laboratórios e Universidades, nacionais e estrangeiros, entre os quais se salientam: